Çirkin görünümlü, yeşil bir canavar olan Shrek, son derece mutlu bir yaşam sürer. Çamur banyosu yapmaktan ve kendi bataklığında yaşamaktan son derece mutlu olmasına karşın, çevresindekiler, hatta öz anne ve babası bile onun görüntüsüne, pis kokusuna dayanamaz. Ancak Shrek’in kendine güveni tamdır ve bütün bu olumsuzluklar onun moralini bozmaz. Günlerden bir gün güzel prenses Fiona, bir ejderha tarafından kaçırılır. Duloc ülkesinin iktidar hırsıyla yanıp tutuşan yöneticisi Lord Farquad, prensesi kurtarmak için Shrek’ten yardım ister. Lord, ideal eş olarak prenses Fiona’yı seçmiştir ve onu ejderhaya bırakmaya hiç niyeti yoktur.
Shrek ile Fiona balayından dönmüştür. Fiona’nın ailesinden gelen bir davet mektubuyla karşılaşırlar. Fiona’nın kral babasıyla kraliçe annesi, yeni evli çifti Uzak Ülke’ye davet etmektedir. Bunun üzerine yanlarına Eşek’i de alarak yola çıkarlar. Prensesin geri dönüşünü kutlamak için Uzak Ülke’nin vatandaşları ********a dökülmüştür. Kral ve Kraliçe de sevgili kızlarının ve hiç tanımadıkları damatlarının (yeni Prens) dönüşünü heyecanla beklemektedir. Ancak her ikisi de yeni damatlarının dış görünümüne hazırlıklı değildir. Üstelik sevgili kızları da çok değişmiştir. Shrek ile Fiona’nın bilmediği bazı gerçekler vardır. Bu sürpriz evlilikle birlikte Fiona’nın kral babasının geleceğe yönelik planları suya düşmüştür. Bunun üzerine o ana kadar ki bütün gelişmeleri tersine çevirebilmek için Fiona’nın Peri Vaftiz Annesinden, Yakışıklı Prensten ve ünlü canavar avcısı Çizmeli Kedi’den yardım ister.
Kral Harold hastalanınca taht için uygun bir varis bulmak Shrek’e düşer. Aksi takdirde tahta geçeceği için çok sevdiği bataklıktan ayrılmak zorunda kalacaktır. Bu konuyla ilgili olarak Eşek ile Çizmeli Kedi’yi görevlendiren Shrek, taht için en doğru varis olarak gördüğü kişiyi gözüne kestirir. Bu kişi, Fiona’nın asi ruhlu kuzeni Prens Artie’den (Justin Timberlake) başkası değildir. Öte yandan çok çok uzaklarda Fiona’yı bir zamanlar yüzüstü bırakıp terk eden eski nişanlısı Prens Charming, tahtı ele geçirmek için peri *****larından topladığı kötü adamlar ordusuyla kentte fırtınalar estirmektedir. Ancak kenti savunmaya kararlı olan Fiona ile annesi Kraliçe Lillian’ın peri *****larındaki iyi insanları yanlarına topladığından haberi yoktur. Shrek, Eşek ve Çizmeli Kedi’nin, “geleceğin kralı” olarak gördükleri Artie’yi daha mükemmel olması için değiştirme çabası devam ederken, diğer tarafta Fiona ve prensesler ordusu ise Prince Charming’i durdurmak zorundadır. Bunu başaramazlarsa ortada Artie’nin hüküm süreceği bir krallık kalmayacaktır.
Şeytan ruhlu ejderhanın hakkından geldikten; güzeller güzeli prensesi ve kayınpederinin krallığını kurtardıktan sonra yeşil yaratığımız daha ne yapsın? Sevimli Şrek’imiz artık evinin erkeği olmuştur. Bir zamanlar ödünü patlattığı köylülerin bahçe bellerini gönülsüzce imzalayarak günlerini geçirir. Peki, onun yeri göğü inleten ünlü kükremesine ne oldu?
Kendisini “gerçek bir canavar” gibi hissettiği günlerin özlemini çeken Şrek, tatlı dilli işadamı Rumpelstiltskin ile imzaladığı anlaşmada dolandırılır. Kendisini aniden Uzak Ülke’nin çarpık alternatif versiyonunda bulur. Rumpelstiltskin’in kral olduğu o ülkede yeşil canavarlar av malzemesi haline gelmiştir. Üstelik Şrek ile Fiona hiç tanışmamıştır. Saflığı yüzünden yaptığı herşeyi geri alarak dostlarını kurtarmak, dünyasını geri kazanmak ve hayattaki tek gerçek aşkına yeniden kavuşmak Şrekin bundan sonra atacağı adımlara bağlıdır.